一年战争末期，探听到地球连邦军又将开发新型敢达这个情报的吉昂公国军派遣了特殊部队“独眼巨人”前往北极，试图执行袭击连邦军基地并破坏机体的任务。但是作战以失败告终，目标也在连邦军的保护下送上了宇宙。

　　在那之后不久，因为一次偶然的机会，吉昂的新兵巴尼与居住在 SIDE6 的少年阿鲁极具戏剧性的相遇使独眼巨人小队得到了新型敢达被运入中立殖民卫星的消息，巴尼在被任命被编入独眼巨人小队报道的同时即将展开第二次敢达破坏任务“红宝石作战”。殖民卫星的命运和作战结果去向何方，少年和新兵的相逢引发的一系列喜怒哀乐又将为这场愚蠢的战争添上何种颜色。